Los rojiblancos comenzaban su andadura en los dieciseisavos de la Copa de su Majestad el Rey frente a un rival bastante asequible para el Atlético de Madrid, la Unión Deportiva Marbella. Anteriormente se había disputado las tres primeras rondas, que se disputaban a partido único, con equipos de segunda división y segunda división B. El ya conjunto de Quique Sánchez Flores tras la destitución esperada de Abel Resino, se clasifico sin ningún problema para los octavos de la Copa del Rey endosando un total de 8 goles al Marbella, 0-2 en la ida y 6-0 en la vuelta en el Vicente Calderón, con 4 goles de Maxi Rodríguez.

Tras los dieciseisavos de la Copa del Rey, en los cuales se quedaron sorprendentemente el Almería que cedió frente al Hércules, Atlethic que cayo derrotado frente al Rayo Vallecano y la más que sorprendente derrota del Real Madrid frente al Alcorcón que perdió el 100% de la eliminatoria en su campo con un resultado abultado de 4 goles a 0, al Atlético de Madrid se le iba poniendo la eliminatoria a su favor, pero todavía quedaba mucho que disputar. Esta vez, el rival era un equipo de segunda el Recreativo de Huelva, a priori todo pintaba bien no había ninguna complicadse pero había que disputar la eliminatoria. Un desastroso partido de los rojiblancos, con un 3-0 en la ida favorable al Recreativo ponía en duda el juego de los de Quique y su clasificación para cuartos. Tocaba milagro en el Calderón. El milagro se produjo en el minuto 83 cuando el partido iba 4-1 (resultado favorable para el Recreativo), falta cerca del área que Simao la pone en la mismísima escuadra y hace estallar al Vicente Calderón. El Atlético se metía en cuartos.

Las derrotas del Barcelona y Valencia dejaban sin final de Copa del Rey a los equipos Champions y Europa League de la Liga BBVA, exceptuando a el Atlético de Madrid y Sevilla que eran los equipos más fuertes pero tenían que demostrarlo en el terreno de juego. El sorteo para los cuartos de final de la Copa del Rey decidió la fortuna del Atlético de Madrid, el cual tenía que enfrentarse al Celta de Vigo que se encuentra en la Segunda división. El 1-1 cosechado en el Vicente Calderón volvía a poner a la cuerda floja a los rojiblancos, pero un gol de Forlán en Vigo (0-1) dio el pase a semifinales a los de Quique Sánchez Flores, les esperaba el Racing. Doce años después el Atlético tenía la oportunidad de llegar a otra final más de la Copa del Rey y no desaprovecho su oportunidad. Un amplio resultado abultado en la ida en el Calderón, 4-0, casi sentenciaba el pase a la final de la Copa del Rey. La vuelta en el Sardinero no hizo más que sentenciar el pase del Atlético a la final de la Copa del Rey tras 12 años de sequía. La final el 19 de mayo en el Camp Nou, Atlético de Madrid-Sevilla.